Abruzzo, ottobre 2002: un masso di 8 tonnellate precipitò da un TIR (che trasportava 13 tonnellate oltre il limite) e finì contro la cabina di guida del locomotore dell’IC Lecce – Trieste. A causa dell’impatto il treno deragliò e un macchinista perse la vita.
Un altro esempio di questo tipo di incidente si verificò a Bitetto (BA) nel giugno del 2003. Un treno regionale in marcia da Taranto verso Bari, in prossimità della punta scambi della stazione di Bitetto, sviò a causa di massi caduti o posti sul binario. Essendo il convoglio spinto dal locomotore in coda, si arrestò solo dopo quasi 800 m dal punto iniziale dello svio della semipilota di testa, finendo rovinosamente in una scarpata laterale. Per fortuna non ci furono vittime.

Nel 1991 morirono due manovratori in due incidenti diversi: il primo cadde dal predellino e rimase schiacciato dal vagone in movimento; il secondo rimase schiacciato tra due vagoni di un treno in composizione. Il 4 febbraio del 1992 si verificarono altri due incidenti simili con altri due manovratori rimasti uccisi, schiacciati tra i respingenti di due veicoli.
Questo tipo di incidente non si è purtroppo limitato agli episodi citati, essendo stato in realtà ben più frequente; si specifica che si tratta di una tipologia di eventi riguardanti quasi esclusivamente i “manovratori” (operatori ferroviari dediti alla composizione dei convogli) e non il più generico servizio ferroviario.

Nell’agosto 1989, un treno proveniente da Amsterdam e diretto a Rimini stava sfilando in deviata in direzione di Ravenna quando venne improvvisamente investito da una pesante autoscala spinta da un altro veicolo di servizio. L'autoscala, certamente in errore, centrò lateralmente la terza vettura del convoglio, fortunatamente vuota. Le conseguenze furono il deragliamento ed il capovolgimento del veicolo sulla massicciata ed il deragliamento di altre due vetture che seguivano. A determinare l'evento, oltre ad una certa dose di fretta e noncuranza, fu un'incomprensione tra il Dirigente Movimento ed il Conducente del veicolo di servizio.
Nel dicembre del 1990, in Sardegna, un treno si scontrò con una macchina rialzatrice che, sfuggita al controllo, aveva invaso il binario destinato al treno in arrivo. Negli anni si sono susseguiti (e sfiorati) diversi incidenti di questo tipo, tutti o quasi sostanzialmente riconducibili a deficienze organizzative, con responsabilità sempre poco chiare e comunque attribuibili sia alle ditte dedite alla manutenzione che allo stesso gruppo FS.

Il 14 maggio 2003 due treni sono entrati in collisione laterale. Il treno Monaco-Napoli ha urtato l'Agrigento-Milano sul fianco all'altezza della sesta carrozza: in conseguenza dell'urto sei carrozze del secondo treno sono uscite fuori dai binari, quattro si sono adagiate su un fianco e due si sono inclinate. La collisione laterale è avvenuta a velocità moderata e fortunatamente l’incidente non è risultato grave: 29 persone sono rimaste ferite in modo lieve. Il locomotore e la prima vettura del Monaco-Napoli sono usciti dai binari e il locomotore si è collocato di traverso le rotaie.
(Fonte: La Repubblica)

Il 12 luglio 2016, tra Andria e Corato, una collisione frontale tra due treni della società Ferrotramviaria, in corsa tra i 94 e i 101 km/h, ha causato la morte di 23 persone e il ferimento di altre 57. Si tratta del più grande disastro ferroviario mai avvenuto in Puglia.
Le cause dell’incidente sono state attribuite ad errori umani, dovuti anche ad una consuetudine di non seguire rigorosamente i regolamenti e le disposizioni legate alla sicurezza ferroviaria. Sulla linea a binario unico, al momento dell’incidente, vigeva il regime di circolazione mediante blocco telefonico. La commissione d’inchiesta ha preso atto del fatto che la Direttiva 2004/49/CE inerente la sicurezza ferroviaria non era correttamente recepita a livello nazionale, consentendo deroghe alle ferrovie regionali, per tale motivo nessuna azione legale contro il gestore della linea.
A seguito dell’incidente la Direttiva è stata estesa anche alle ferrovie regionali, estendendo alle stesse anche la competenza dell’ANSF.
Già nel 2014, sulla stessa tratta, si verificò un episodio identico, in cui il capostazione di Andria concesse il via libera ad un treno in partenza, senza aver prima ottenuto il consenso dal capostazione di Corato. L’episodio venne fortunatamente classificato come “inconveniente” in quanto si riuscirono a fermare i due treni in tempo.